Năm 1970, sư được tỉnh hội Phật giáo Nam định cử lên Hà Nội học tập tại trường Phật học viện Quảng Bá nổi tiếng đương thời do Pháp sư Thích Trí Độ, Hòa thượng Thích Tâm An, Hòa thượng Thích Đức Nhuận, Hòa thượng Thích Quảng Dung... giảng dạy

Giai đoạn 1981-1985, sư tham gia học trường Cao cấp Phật học TW khóa I, nơi đây là trường đào tạo tăng tài mai sau tham gia công tác lãnh đạo cho giáo hội.

Từ năm 1987, Sư được Trung ương Giáo hội cử làm Ủy viên Thường trực Hội đồng Trị sự kiêm Phó Văn phòng I. Trong giai đoạn 1997-2007, Sư đảm nhiệm chức Phó Tổng Thư ký Hội đồng Trị sự kiêm Chánh Văn phòng I Trung ương Giáo hội.

Tại Đại hội VI của Giáo hội Phật giáo Việt Nam diễn ra tại thủ đô Hà Nội vào năm 2007, Sư được suy cử đảm nhiệm Phó Chủ tịch Hội đồng trị sự.

Tại Hội nghị Thông qua việc giới thiệu Thượng tọa Thích Thanh Nhiễu đảm nhiệm Phó Chủ tịch Thường trực Hội đồng trị sự, ngày 26 tháng 12 năm 2011 tại thành phố Hồ Chí Minh, Với 100% phiếu thuận, Ban Thường trực Hội đồng Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam đã chính thức thông qua việc giới thiệu Thượng tọa Thích Thanh Nhiễu đảm nhiệm chức vụ Phó Chủ tịch Thường trực hội đồng trị sự thay thế Trưởng lão hòa thượng Thích Thanh Tứ - nguyên Phó Chủ tịch Thường trực HĐTS đã viên tịch.[4]